Lesung pipit terjadi akibat dari variasi otot muka yang dipanggil zygomaticus major. Kecacatan variasi berlaku pada otot ini yang sepatutnya hanya mempunyai struktur tunggal dari tulang zygomatic. Tulang ini membahagi kepada superior (bahagian atas tepi bibir) dan inferior (bahagian bawah tepi bibir). Selain itu, factor terjadinya lesung pipit adalah kerana otot zygomaticus lebih pendek dari normal menyebabkan kulit tertarik dan terbentuklah lekuk pada pipi.

Seperti dipetik dari NCTimes, Rabu (29/12/2010) Dr Joel Pessa, seorang ahli bedah plastik di University of Texas Health Science Center dalam majalah yang diterbitkan jurnal Clinical Anatomy tahun 1998, menuturkan lesung pipit disebabkan oleh kecacatan dari otot zygomaticus utama.
Ketika seseorang tersenyum atau bercakap, maka ada daya tarik dari kulit yang membuat lesung pipit muncul akibat efek penarikan kulit tersebut. Hal ini diketahui setelah peneliti membedah anatomi wajah 50 mayat yang memiliki lesung pipit.
Lesung pipit umumnya tidak nampak ketika seseorang sedang diam, kerana otot pipi tersebut tidak mengalami penarikan atau dalam posisi diam. Beberapa orang ada yang hanya memiliki lesung pipit ketika masih kanak2 atau remaja.
Hal ini kerana seiring waktu otot wajah ini secara perlahan akan meregang yang membuat lesung pipit memudar atau hilang.